CSGD sprovodi program prevencije HIV od 2005. godine sa fokusom na muškarce koji imaju seks sa muškarcima – MSM. Program sadrži niz različitih aktivnosti kao što su, radionice, terenske aktivnosti u sedam glavne oblasti na Kosovu, distribuciju kondoma i lubrifikanata, kao i savetovanje i testiranje na HIV.
Cilj ovog programa je da se održi niska prevalencija HIV-a među MSM sa povećanjem upotrebe kondoma; olakšati pristup kondoma sa niskim ili bez troškova i edukativnih materijala na mestima pogodnim za MSM. Povećati osećaj samopoštovanja, povećanje znanja i razumevanja rizičnog ponašanja, smanjenje osećaja izolacije, smanjiti procenat MSM izveštavanja koji mogu imati problema sa depresijom. Povećanje broja ljudi koji znaju svoj status HIV-a. Smanjiti broj ljudi koji prijavljuju nezaštićeni analni seks. Povećati kapacitete vršnjačkih edukatora koji e biti angažirani na terenski rad i obrazovanje. Pružiti mogućnosti za klijente aktivnosti na prevenciji HIV-a da bi unapredili usvajanje i održavanje ponašanja za smanjenje rizika za HIV. Pružati opštu podršku za sigurno ponašanje, razbiti mitove o prenosu i podržati napore za smanjenje ličnih rizika.
U julu 2006. godine, CSGD u bliskoj saradnji sa koordinatorkom za AIDS u Ministarstvu Zdravlja, je usnivalo u svojim prostorijama centar za dobrovoljno savetovanje i testiranje za HIV. Testiranje za HIV je dizajnirano na taj način da bude udoban i prijatan za MSM osobe. Testiranje je anonimno i poverljivo.
Od 2005. do 2010. godine, program prevencije HIV-a su podržali Fondacija Partnerstvo za zdravlje. Počevši od 2009. godine i do danas, program HIV-a je u potpunosti podržan od strane Globalnog fonda.
Do kraja 2016. godine ukupno je sprovedeno 3.500 HIV testova na oko 2.500 MSM. Pored testiranja na HIV, CSGD je distribuiralo 260.000 kondoma i lubrifikanata i oko 55.000 različitih materijala za informaciju, obrazovanje i komunikaciju u svim 7 oblastima na Kosovo. Ove usluge su obezbeđena za oko 4.500 MSM osoba.
Poslednji IBBS koji je sproveden 2014. godine pokazuje da je broj MSM broj na Kosovu oko 25.000. Ova studija pokazuje da 70% muškaraca izveštavaju da su koristili kondom u njihovom poslednjem seksualnom odnose sa muškim partnerom i 0,5% od MSM žive sa HIV-om. Ipak, programsko mapiranje koje je sprovedeno u 2016 godini pokazuje da je oko 6.500 MSM koji su aktivno uključeni u seksualni odnos sa muškim partnerom.